Shouya Ishida, un écolier turbulent, s'acharne sur Shouko Nishimiya, une nouvelle élève sourde. Malgré les tentatives sincères de la jeune fille pour se lier d'amitié avec ses camarades, Shouko ne devient qu'une source d'agacement pour Shouya et ses amis, les poussant à la ridiculiser à la moindre occasion. Bientôt, leurs moqueries se transforment en un harcèlement constant, tandis que les professeurs restent cruellement apathiques face à la situation.

Les méfaits de Shouya ne cessent que lorsque Shouko est transférée dans une autre école. Niant toute implication, toute la classe rejette la faute sur lui. Devenu la nouvelle victime de harcèlement, Shouya devient peu à peu craintif et solitaire, traité avec mépris et indifférence pendant les années qui suivent.

Désormais lycéen, Shouya retrouve Shouko pour la première fois en cinq ans. Toujours tourmenté par ses actes passés, il est déterminé à racheter ses fautes et à affronter son traumatisme, même s'il doit faire face à de rudes obstacles en chemin.